كان يطلق على عَطْبَرَة اسم أتْبَرَا (قبل استبدال حرف التاء بطاء). وأتبرا لفظ مشتق من الكلمة العربية تتبير، كما يذهب البعض، وهو لغةً يعني التدمير أو التحطيم أو الهلاك. يقول عزّ وجلّ:﴿وكلا ضربنا له الامثال وكلاً تبرنا تتبيراً﴾ (الفرقان:39). وسُميت عطبرة بهذا الاسم لهيجان نهر عطبرة عند فيضانه ودخوله إليها في الاتجاه الشمالي الغربي وانحداره بسرعة كبيرة في سهولها المنبسطة حيث يحطم ويجرف كل ما يقع في مجراه أو على حوافي ضفافه من شجر ودواب وعمران وبشر.

وهناك رواية أخرى وردت في كتاب الدكتور عون الشريف قاسم (قاموس اللهجة العامية في السودان) جاء فيها ان أصل الاسم (اتبرا) لفظ يوناني وهو إيس تبوراس Essetaboras(باليونانية σταβορασ) ويستدل بأول الكلمة إيس Esse إذ قيل انها من اللغة النوبية وتعني المساء، أما آخر الكلمة taboras فيعني العابدون شفاهة.

كذلك يقّر الدكتور عون الشريف قاسم، في مصدر آخر نقلا عن الدكتور عبد المجيد عابدين، بالأصل اليوناني للكلمة والمأخوذ من احدى اللغات النوبية القديمة وكان ينطق عَطْبَرا.

وثمة رواية ثالثة مصدرها الدكتور جعفر ميرغني تفيد بأن الكلمة تتركب من مقطعين هما «إد» و«وبارا»، حيث يرادف المقطع الأول «إد» لفظ البحر بلغة العنج، وأما المقطع الآخر «وبارا» فهو اسم مرويّ باللغة المَرويّة القديمة، وبذلك يصبح معنى المقطعين مجتمعين بحر مَرَوِي.

أما الرواية الرابعة فتنسب إلى الإعلامي التوثيقي الطيب محمد الطيب، وذكر فيها ان الكلمة نوبية الأصل ومركبة من لفظين هما «إد» ويعني أرض و«بارا» وهو الساحل، فيصبح معنى الكلمة أرض الساحل.